3 είναι τα είδη χημικών ουσιών που δίνουν χρώμα στα φύλλα των φυτών: η χλωροφύλλη (πράσινο χρώμα), τα καροτενοειδή (κίτρινο, πορτοκαλί, καφετί) και οι ανθοκυανίνες (κόκκινο, μωβ και συνδυασμοί τους).
Καθ’όλη τη διάρκεια ανάπτυξης του φυτού (άνοιξη, καλοκαίρι), η χλωροφύλλη παράγεται και χρησιμοποιείται συνεχώς σε πολύ μεγάλες ποσότητες. Στην περίοδο αυτή υπάρχουν και τα καροτενοειδή στα φύλλα, αλλά σε μικρότερες ποσότητες κι έτσι η χλωροφύλλη επικαλύπτει τις ουσίες αυτές και τα φύλλα έχουν το πράσινο χρώμα. Όταν αρχίσει το φθινόπωρο και μικρύνει η διάρκεια της ημέρας όμως, το φυτό ελαττώνει την παραγωγή χλωροφύλλης, ώσπου η παραγωγή της τελικά μηδενίζεται. Έτσι “αποκαλύπτονται” τα καροτενοειδή που δίνουν το κιτρινο-πορτοκαλί χρώμα στα φύλλα κι ακόμα αρχίζουν να παράγονται και οι ανθοκυανίνες.
Δε γίνονται σε κάθε φυτό τα φύλλα κίτρινα. Σε άλλα γίνονται κοκκινωπά, σε άλλα καφετί*, έχει να κάνει με το είδος φυτού και τα ποσοστά των συγκεντρώσεων των παραπάνω χημικών ουσιών.

*το καφέ χρώμα των φύλλων δεν οφείλεται τόσο στα καροτενοειδή, όσο στα κυτταρικά τοιχώματα των κυττάρων του φυτού, τα οποία εμφανίζονται λόγω της απουσίας χλωροφύλλης, καροτενοειδών κλπ.